Начиная с месяца, в котором число дней пребывания работника в Российской Федерации в текущем налоговом периоде превысило 183 дня, суммы налога, удержанные налоговым агентом с его доходов до получения им статуса налогового резидента по ставке 30 процентов, подлежат зачету при определении налоговой базы нарастающим итогом по суммам доходов работника, включая доходы, с которых налог удерживался по ставке 30 процентов.

Об этом Письмо Минфина России от 05.04.2012 N 03-04-05/6-443.

В соответствии с п. 1.1 ст. 231 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) возврат суммы налога налогоплательщику в связи с перерасчетом по итогам налогового периода в соответствии с приобретенным им статусом налогового резидента Российской Федерации производится налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), при подаче налогоплательщиком налоговой декларации по окончании указанного налогового периода, а также документов, подтверждающих статус налогового резидента Российской Федерации в этом налоговом периоде, в порядке, установленном ст. 78 Кодекса.

Таким образом, в соответствии с п. 1.1 ст. 231 Кодекса в случае приобретения сотрудником организации статуса налогового резидента Российской Федерации возврат в связи с перерасчетом суммы налога производится по итогам налогового периода налоговым органом.

Вместе с тем, если в течение налогового периода работник приобрел статус налогового резидента и этот его статус больше не может измениться (то есть физическое лицо находится в Российской Федерации более 183 дней в текущем налоговом периоде), все суммы вознаграждения, полученные работником от работодателя за выполнение трудовых обязанностей с начала налогового периода, подлежат налогообложению по ставке 13 процентов.

В таких случаях работодателям - налоговым агентам следует руководствоваться положениями п. 3 ст. 226 Кодекса, согласно которым исчисление сумм налога производится налоговыми агентами нарастающим итогом с начала налогового периода по итогам каждого месяца применительно ко всем доходам, в отношении которых применяется налоговая ставка, установленная п. 1 ст. 224 Кодекса, начисленным налогоплательщику за данный период, с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога.

Если суммы налога на доходы физических лиц, удержанные с доходов сотрудника по ставке 30 процентов, были зачтены не полностью и после проведения указанного зачета осталась сумма налога на доходы физических лиц, подлежащая возврату, возврат налогоплательщику указанной суммы осуществляется налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), в порядке, предусмотренном п. 1.1 ст. 231 Кодекса.